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Após matar todos os jovens de Springwood, Freddy Krueger decide mudar de cidade, escolhendo uma cidade infestada de medo, Gotham, um local perfeito para cometer seus assassinatos. Porém, isso o colocará frente a frente com o maior detetive do mundo, o Batman, que enfrentará um dos maiores desafios de sua vida.
1. Pesadelos em Arkham
Jonathan Crane era segurado pelos guardas de Arkham, o lunático se recusava a ir para sua cela, pois sabia que se dormisse mais uma vez, poderia ser pela última. O vilão acerta uma cabeçada em um deles, que responde com um choque nas costas dele, com um bastão elétrico. Sem pena, os brutamontes arremessam o franzino doutor na cela.
Dentro da cela, Crane é amarrado a sua cama e injetado com um tranquilizante, forçando seu sono.
O Espantalho cai no sono, porém, acorda de repente. As algemas já não prendiam suas mãos, porta da cela estava aberta, com uma luz brilhante irradiando naquela através dela, e Crane a acompanhou, todos os guardas nos corredores estavam mortos no chão. O lunático estava quase chegando a saída, quando um dos guardas o segura pelo braço, Jonathan tenta se desvencilhar, e acaba arrancando o braço do homem com certa facilidade, deixando-o confuso, mas essa loucura estava apenas começando, porque essa mão libera o gás do medo no rosto de Espantalho, o fazendo alucinar.
Crane começa a ver várias figuras em marcantes em sua vida, os colegas que o atacavam na infância, sua mãe e seu pai que o abandonaram, o diretor que o demitiu da faculdade, o Batman e por fim, sua avó, a mulher que destruiu sua vida. A assombração o segura pelo pescoço e o joga no chão, começando a puxa-lo de volta para a cela, enquanto todos os guardas se levantam, e se transformam em Freddy, que começa a rir de Crane, de volta ao quarto, sua cama se transforma uma espécie de apoio de madeira, semelhante aos que os espantalhos ficam presos. O vilão é preso na madeira por arames farpados, que atravessam seus braços e pernas, até seu sofrimento ser finalmente encerrado, quando na forma de sua avó, Freddy rasga a barriga do vilão.
Na manhã seguinte, os guardas percebem o banho de sangue que havia ocorrido ali, e rapidamente avisam o protetor de Gotham, o Batman. O maior detetive do mundo chega a cena do crime, e vê aquela cena horripilante, com o Espantalho morto e pendurado nas tábuas de sua própria cama. Era um crime praticamente inexplicável, um suicídio naquelas condições era praticamente impossível, assim como uma invasão na cela era inviável pelo vídeo das câmeras. Investigando mais a fundo, Batman descobre que Crane vinha passando por vários pesadelos, e vendo o corpo do homem, ele percebe que existem feridas mais antigas, bastante semelhantes as feitas durante o assassinato. As peças ainda não haviam se encaixado na mente do herói, mas a história havia apenas começado.
2. Investigador dos Pesadelos
Na Batcaverna, Wayne começa a averiguar diversos casos semelhantes aos de Crane, e todos vinham do mesmo local, a cidade de Springwood, e todos ligados ao mesmo nome, Freddy Krueger. Garimpando as informações, Batman descobre registros do sanatório de jovens de Springwood, onde diversas mortes foram registradas, inclusive da doutora Nancy Thompson, que tinha uma relação muito mais complexa com o assassino dos sonhos. Bruce consegue descobrir que um dos internos sobreviveu ao ataque de Krueger, uma garota, mas ele ainda precisava descobrir seu nome.
Enquanto isso em Arkham, outros criminosos começavam a sonhar com Krueger, chegando a apelar para o suicídio ou costurar os seus olhos para ficarem abertos, um dos mais afetados, era Bane, que agora, tinha o seus dias contados. O vilão estava acorrentado em sua cela, que inexplicavelmente, seu corpo começa a se fortalecer como se estivesse sobre o efeito da substância Veneno. O titã despedaça suas algemas e começa a forçar a porta para sair, quando de repente, o chão se quebra, e o vilão começa a cair infinitamente, até cair em um poço alagado, ao sair, se depara com Freddy, e parte para o combate. Bane espanca o assassino, o finalizando com um joelhada na coluna,e por incrível que pareça, o vilão se levanta tranquilamente, rindo de Bane. Freddy injeta mais Veneno em Bane, o deixando ainda mais forte, dizendo que era a única forma do vilão derrota-lo. O bombado batia cada vez mais forte no rei dos pesadelos, que mesmo levando golpes capazes de derrubar o Asilo inteiro, permanecia de pé. O golpe fatal, foi dado quando Freddy termina injetar o composto no vilão, que explode, fazendo uma verdadeira carnificina em sua cela. Bane estava morto.
3. Guerreiros dos Sonhos
Após a morte de Bane, Batman começa a avançar seu plano para encontrar Krueger, mas ele não conseguiria sem a ajuda de Kristen. Enquanto dirigia o Batmóvel, o herói conversava com Alfred pelo comunicador, tentando descobrir a localização da garota especial, quando de repente, o som do rádio muda. A rádio começa a transmitir a voz de um policial, que informava a morte de Thomas e Martha Wayne, pouco a pouco, a voz do policial se transforma na voz de Freddy. Em um piscar de olhos, o Cavaleiro das Trevas aparece no Beco do Crime, onde seus pais foram assassinados de forma barbara, com seus corpos estirados no chão. O herói se aproxima dos dois, e ao lado deles, vários outros corpos começam a se acumular, Dick Grayson, Alfred, Bárbara Gordon, Jim Gordon, Harvey Dent, todos mortos pelo seu fracasso. Batman tenta resistir a essas visões, até ser puxado por seu mãe, que havia voltado dos mortos, e se transforma em Freddy Krueger, assim como todos os outros a sua volta. Batman derrota os Freddys, até que o verdadeiro vilão se coloca a sua frente, sendo facilmente derrotado pelo herói, porém, ele se transforma em um mega Freddy gigante, e ataca o herói, que com sua astúcia, consegue derrubar o vilão com alguns cabos, caído no chão, Freddy explode na forma de milhões de ratos e baratas. Como ultima jogada, Kruger começa a lançar os maiores vilões do morcego contra ele, enquanto o provocava, cercado, o herói estava sendo soterrado por seus inimigos, quando finalmente acorda de maneira não muito agradável, caindo de um penhasco com o Batmóvel. O carro cai diretamente nas águas do mar, e ele se encontrava preso ao cinto de segurança havia quebrado, o mantendo preso ali. Com o uso de um Batrangue, Batman corta o cinto, quebra a cabine do carro, conseguindo nadar até a superfície com o pouco oxigênio que lhe restava. De volta a Batcaverna, Bruce é tratado por Alfred, enquanto o bilionário pensava em uma forma de lutar contra o sono, coisa que ele não conhecia a 4 dias. A cada dia que passava, as forças do herói iam se esgotando, enquanto ele tentava localizar a garota, com a voz de Freddy tentando-o em seus ouvidos. Simultaneamente a isso, Freddy espalhava o terror por toda a Gotham, saindo dos portões do Asilo Arkham, quando finalmente, o Cavaleiro das Trevas acha quem ele tanto procurava.
4. Mestra dos Sonhos
Batman utiliza seu Batwing para ir até a cidade de Toronto, no Canadá, onde iria encontrar Kristie, a quem ele havia oferecido um bom dinheiro pela sua ajuda. A jovem se nega a confrontar Freddy novamente, mas se dispõe a ensinar o cavaleiro de Gotham a confronta-lo por contra própria.
Em Gotham, Krueger tinha como vítima o Charada, fazendo o criminoso passar por um dos seus próprios desafios, os quais o vilão conclui com sucesso. Mas, virando o feitiço contra o feiticeiro, e Freddy trapaceia, fazendo Edward fracassar, e ser lançado em um poço de serras.
Em Toronto, Batman treina ao lado de Kristie, aprendendo como invadir sonhos, e manipula-los, tendo os famosos sonhos lúcidos. No entanto, Bruce ainda tinha muitos medos, e isso seria um prato cheio para Freddy quebra-lo, ele precisaria de ajuda, alguém sem medos. Batman retorna a Gotham com toda a velocidade, e chega a um Asilo Arkham ainda mais caótico do que o normal, com os detentos em um estado de loucura quase demoníaco pela ação de Freddy, Batman avança pelos corredores, até chegar na ultima cela de segurança máxima, e abrindo a porta, revela uma figura de pele tão branca quantos as paredes daquela sala, cabelos verdes, e um sorriso inconfundível, o Coringa. O Cavaleiro das Trevas acreditava que o palhaço pudesse ser a solução para o seu problema, já que aparentemente não tinha nenhum medo. Sobre a ameaça de não existir nem um Batman e nem uma cidade para destruir, o Coringa aceita se juntar a Batman na batalha contra Krueger.
5. O Homem Sem Medo
A improvável dupla prepara um plano para capturar Freddy, onde os dois iriam entrar em um sono induzido. Os dois se encontram no mundo dos sonhos, em um Asilo Arkham vazio e iluminado com uma forte luz vermelha. Após passar por um dos corredores, os dois adentram na sala do sino da catedral de Gotham, onde os dois haviam se enfrentado pela primeira vez. Antes que eles possam reagir, as gárgulas da igreja criam vida e atacam Batman, ele consegue destruir algumas, mas acaba sendo preso na parede por uma delas, quando Freddy se revela para a dupla, e confronta o Coringa, o único dos internos que havia evitado ele durante todo aquele tempo, Freddy lanças estacas contra o Coringa, o perfurando em vários pontos, mas o palhaço apenas ri, enquanto as armas viram bolhas de sabão, deixando o vilão boquiaberto. Aproveitando a brecha, Batman escapa e usa o que aprendeu para enfrentar o mestre dos sonhos, trazendo um Batwing para disparar contra Freddy, arremessando o vilão para longe. Krueger cria um exercito de Freddys, que é massacrado pelo Super Coringa, que havia replicado os poderes do homem de aço, enquanto Batman usava suas habilidades novas para ajudar na batalha. Freddy lança meteoros contra os dois, que são destruídos por Batman. Freddy se transforma no famoso Super Freddy e confronta o Coringa, que humilha o churrasco humano de Sprinwood, quebrando suas mãos e o deixando de joelhos perante ele, quando de repente, eles acordam e Freddy os havia acompanhado para o mundo real. O assassino mata os guardas presentes na sala e tenta escapar enquanto Batman ainda se recuperava e retornava a ação, o guardião da noite consegue alcançar Krueger, e com uma rápida sequencia de golpes, acaba com o demônio dos sonhos, mas um problema muito maior havia sido despertado por aquela ação. Com a derrota de Freddy, os demônios dos sonhos direcionam o seu poder para o Coringa, que havia acabado de se tornar o sucessor de Krueger, Batman tenta chegar até ele, mas o palhaço do crime simplesmente desaparece entre o seus dedos. Agora, havia uma ameaça muito maior, pronta para atacar os seus sonhos.....